Нашёл интересную программу, которая называется UCSF Chimera, можно PDB отрендерить в 3D:
https://i.ibb.co/B2QDmLx/ucsf-chimera-04-58-08-08-2021-min.jpg

https://i.ibb.co/2SCvMsf/ucsf-chimera-05-01-08-08-2021-min.jpg

https://i.ibb.co/NWBrY9L/ucsf-chimera-05-02-08-08-2021-min.jpg

https://i.ibb.co/hsTJ2zQ/ucsf-chimera-05-06-08-08-2021-min.jpg