Усовершенствуем наш код опять же на примере 6XKQ:

Код:
for name in cmd.get_names():
  for chain in cmd.get_chains(name):
    print("name:" + name + " chain:" + chain)
    cmd.select("chain_" + chain, "chain " + chain)

Результат:
https://i.ibb.co/cFg6MzH/pymol-select-chains-result-01-56-01-10-2021-min.jpg