Чтобы покрасить нужно использовать cmd.color(цвет, название выделения). Вот пример:
Код:
colors = ["red", "orange", "yellow", "green", "blue", "magenta"] index = 0 for name in cmd.get_names(): for chain in cmd.get_chains(name): print("name:" + name + " chain:" + chain) cmd.select("chain_" + chain, "chain " + chain) cmd.color(colors[index], "chain_" + chain) index = index + 1
Результат: