Чтобы покрасить нужно использовать cmd.color(цвет, название выделения). Вот пример:

Код:
colors = ["red", "orange", "yellow", "green", "blue", "magenta"]
index = 0

for name in cmd.get_names():
  for chain in cmd.get_chains(name):
    print("name:" + name + " chain:" + chain)
    cmd.select("chain_" + chain, "chain " + chain)
    cmd.color(colors[index], "chain_" + chain)
    index = index + 1

Результат:
https://i.ibb.co/2vfLRY0/pymol-color-02-08-01-10-2021-min.jpg