Тут покажу как импортировать PDB в Blender 2.7x:
1. Запустим Blender, потом нажмём на File->Import->Protein Data Bank:

2. Появится диалог для импорта файла, укажем путь, и нажмём на кнопку Import Protein Data Bank(*.pdb):

3. Вуаля!