В этом примере буду использовать parse-pdb https://www.npmjs.com/package/parse-pdb
Итак создаём папку pdbtest, потом спомощью командного интерпретатора cmd заходим в папку pdbtest, и выполняем команду npm i parse-pdb, после установке добавляете 2 файла в папку pdbtest 1)offline_pdb_parser.js, и 2)online_pdb_parser.js
Метод 1:
файл offline_pdb_parser.js

Код:
const parsePdb = require('parse-pdb');
const { readFileSync } = require('fs');
const pdbString = readFileSync('./1ODF.pdb', 'utf8'); // Читает PDB файл
const parsed = parsePdb(pdbString); // Превращает в JSON

for(var i=0; i<parsed.atoms.length; i++) {
   // Получаем цепочку, название атома, и его координаты x,y,z
  console.log(`${parsed.atoms[i].chainID} ${parsed.atoms[i].name} ${parsed.atoms[i].x} ${parsed.atoms[i].y} ${parsed.atoms[i].z}`);
}

Метод 2:
файл online_pdb_parser.js

Код:
const parsePdb = require('parse-pdb');
const https = require('https');
const { readFileSync } = require('fs');

https.get('http://localhost/pdb/1ODF.pdb', res => {
   // Читает файл из URL
   var pdbString = '';
   res.on('data', chunk => {
     pdbString += chunk;
   });

   res.on('end', () => {
    const parsed = parsePdb(pdbString);  // Превращает в JSON
    for(var i=0; i<parsed.atoms.length; i++) {
      // Получаем цепочку, название атома, и его координаты x,y,z
      console.log(`${parsed.atoms[i].chainID} ${parsed.atoms[i].name} ${parsed.atoms[i].x} ${parsed.atoms[i].y} ${parsed.atoms[i].z}`);
    }
    })
   .on('error', (e) => {
     console.log(`Ошибка ${error}`);
   });
});

Чтобы запустить пишим в командной строке node offline_pdb_parser.js или node online_pdb_parser.js. В обоих примерах получаем названия атома, цепочку, и 3D координаты атома.